L'interno a tre navate divise da pilastri, è arioso e slanciato, con armonica decorazione a stucchi particolarmente felice nel presbiterio. Notevoli sono alcune cappelle , il coro ligneo, gli altari in marmo policromo e le varie opere pittoriche custodite.
Ospita il corpo di S. Stefano, patrono di Caiazzo, nella cappella a Lui intitolata a sinistra dell'Altare Maggiore. Tra le altre cappelle, ricordiamo quella del SS. Sacramento (Gesù Sacramentato), costruita con le donazioni della signora Angelina Maturi, su un progetto dell'Ing. Arch. Pasquale Sasso.
A causa dei numerosi interventi ha subito perdite gravi come la distruzione dell'affresco raffigurante S. Lucia e S. Stefano, emerso durante i lavori per la costruzione di una cappella alla fine dell'Ottocento. Prima della Seconda Guerra Mondiale il pavimento di mattoni è stato sostituito da uno in marmo.